欧博allbetLæs om den selvstændige stats historie
Forholdene var på overfladen rolige 1996-1997, men i januar 1998 begyndte den kosovoalbanske organisation UÇK, Kosovos Befrielseshær, systematisk at angribe serbisk politi, og konflikten blev snart optrappet fra begge sider. Ibrahim Rugovas ikke-voldsorienterede albanske modstandsparti tog initiativet til nyvalg til Kosovos illegale parlament, og i juli 1998 genvalgtes han til præsident. Men UÇK nægtede at acceptere valgresultatet. Sommerens kampe var hårde og bragte både albanske og serbiske lokalbefolkninger på flugt, indtil NATO med trussel om flyangreb i oktober 1998 fik Jugoslavien til at trække størsteparten af sine styrker ud af Kosovo og lade fredeliggørelsen af provinsen overvåge af OSCE. Fra midten af december eskalerede konflikten imidlertid igen, og den endte efter resultatløse forhandlinger i en uofficiel krig, hvor NATO fra marts 1999 gennemførte præcisionsbombninger i Jugoslavien, mens serbiske styrker fordrev albanere i hundredtusindvis fra Kosovo.
Krigen ophørte med en fred i Beograd i juni 1999, fulgt op af FN's Sikkerhedsråds resolution 1244 af 10. juni 1999, som fastslog Kosovos fremtidige status som provins med hjemmestyre inden for Forbundsrepublikken Jugoslavien, hvis militær- og politistyrker trak sig ud af provinsen. NATO-lande og NATO-partnerskabslande stillede en militærstyrke på knap 50.000 mand til rådighed (KFOR), og en civil FN-administration under ledelse af franskmanden Bernard Kouchner, og senere af danskerne Hans Hækkerup og Søren Jessen-Petersen (2004-2006), blev oprettet.
I efteråret 1999 gennemførtes en delvis afvæbning af UÇK, og i 2001 kom en forfatningsmæssig rammelovgivning på plads, og de første frie parlamentsvalg i provinsens historie blev afholdt. Ved valgene vandt Ibrahim Rugovas parti LDK generelt over den vigtigste modstander, Kosovos Demokratiske Parti, DPK, ledet af UÇK's leder Hashim Thaçi.
I foråret 2001 lykkedes det gennem et samarbejde mellem KFOR og den jugoslaviske regering i Beograd at få afvæbnet en lokal albansk oprørshær i de serbiske grænseområder til Kosovo. Derimod havde FN-myndighederne de største problemer med at få etableret et samarbejde mellem albanerne og de andre befolkningsgrupper, især serberne. KFOR har brugt mange resurser på at beskytte isolerede minoritetsgrupper og kulturelle monumenter som de serbiske kirker og klostre i de albanske flertalsområder.